PileupElement.h
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00018 #ifndef __PILEUP_ELEMENT_H__
00019 #define __PILEUP_ELEMENT_H__
00020
00021 #include "SamRecord.h"
00022
00026 class PileupElement
00027 {
00028 public:
00029 PileupElement();
00030
00031 PileupElement(const PileupElement& q);
00032
00033 virtual ~PileupElement();
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00037 virtual void addEntry(SamRecord& record);
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00040 virtual void analyze();
00041
00042
00043 virtual void reset(int32_t refPosition);
00044
00045 const char* getChromosome() const { return(myChromosome.c_str()); }
00046
00047 int32_t getRefPosition() const { return(myRefPosition); }
00048
00049 protected:
00050 static const int32_t UNSET_POSITION = -1;
00051
00052 private:
00053 int32_t myRefPosition;
00054 std::string myChromosome;
00055 };
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00057
00058 #endif