Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | O | P | Q | R | S | T | U | V | W
  A  
Family   
  I  
PedigreeGlobals   SamSingleBaseMatchInfo   
Alleles   FastQ   InputFile   PedigreeKey   SamStatistics   
AnalyzeClass   FastQFile   IntArray   Person   SamStatus   
  B  
FastQStatus   IntHash   Pileup   SamValidationError   
BamIndex   FileType   IntParameter   PileupElement   SamValidationErrors   
BamInterface   FortranFormat   
  L  
PileupElementBaseQual   SamValidator   
bamRecordStruct   
  G  
ListParameter   
  Q  
SequenceCoverageReader   
BaseAsciiMap   GenericSamInterface   LongCounter   QuickIndex   SetParameter   
BaseComposition   GenomeSequence   LongHash   
  R  
SmithWaterman   
BaseCount   genomeSequenceMmapHeader   LongParameterList   Random   SortedChunkList   
baseQualityConvertor   GenotypeList   LongParameters   ReadBase   String   
BaseUtilities   glfEntry   
  M  
ReadInsertion   StringArray   
BasicHash   GlfException   MarkerInfo   RunningStat   StringDoubleHash   
BgzfFileType   GlfFile   Matrix   
  S  
StringHash   
  C  
GlfFileReader   MemoryMap   SamFile   StringIntHash   
CharBuffer   GlfFileWriter   MemoryMapArray   SamFileHeader   StringIntMap   
ChromosomeInfo   glfHandler   MemoryMapArrayHeader   SamFileReader   StringMap   
Chunk   GlfHeader   MemoryMapGenericHeader   SamFileWriter   StringParameter   
Cigar   glfIndel   MiniDeflate   SamFilter   SwitchParameter   
Cigar::CigarOperator   GlfRecord   MockGenomeSequence   SamFlag   
  T  
CigarRoller   GlfRefSection   modify   SamHeaderHD   TestWrite   
CigarRollerTest   GlfStatus   modifyVar   SamHeaderPG   
  U  
ColumnExtras   GlobalTestEnvironment   
  O  
SamHeaderRecord   UncompressedFileType   
  D  
GreedyTupleAligner   OptionList   SamHeaderRG   
  V  
defaultPileup   GzipHeader   
  P  
SamHeaderSQ   Vector   
DoubleParameter   
  H  
PackedRead   SamHeaderTag   VectorFunc   
  E  
HiddenDouble   Parameter   SamInterface   
  W  
emptyGenericHeader   HiddenInteger   ParameterList   SamQuerySeqWithRefIter   Weight   
ErrorHandler   HiddenString   Pedigree   SamRecord   SmithWaterman::weight   
  F  
HiddenSwitch   PedigreeDescription   SamReferenceInfo   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | O | P | Q | R | S | T | U | V | W
Generated on Wed Nov 17 13:24:05 2010 for StatGen Software by  doxygen 1.6.3