Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Famrvtest (view source)

Revision as of 11:36, 10 September 2013

141 bytes removed ,  11:36, 10 September 2013
→‎Command References
Line 24: Line 24:     
== Command References ==
 
== Command References ==
−
  Options:
+
Options:
−
             Kinship Options : --empKin, --empMaf [0.05], --empMiss [0.05],
+
             Kinship Options : --kinGeno, --empMaf [0.05], --empMiss [0.05],
 
                               --outputX, --outputKin, --kinFile [],
 
                               --outputX, --outputKin, --kinFile [],
 +
                              --kinPrefix []
 +
      Input/Output Options : --vcf [], --groupFile [], --freqFile [],
 
                               --prefix []
 
                               --prefix []
−
      Input/Output Options : --vcf [], --groupFile [], --freqFile [],
  −
                              --outPrefix []
   
                 VC Options : --inverseNormal, --fitSharedEnv, --fitX,
 
                 VC Options : --inverseNormal, --fitSharedEnv, --fitX,
 
                               --useCovariates, --traitName []
 
                               --useCovariates, --traitName []
Line 37: Line 37:  
                               --CMC_counts
 
                               --CMC_counts
 
   Variable Threshold Tests : --VTasymptotic, --VTpermute, --permuteMin [1000],
 
   Variable Threshold Tests : --VTasymptotic, --VTpermute, --permuteMin [1000],
−
                               --permuteMax [3000000], --VTMB, --VTCMC_binary,
+
                               --permuteMax [3000000]
−
                              --VTCMC_counts [ON]
   
               Other Options : --function [], --mafMin [0.00], --mafMax [0.50],
 
               Other Options : --function [], --mafMin [0.00], --mafMax [0.50],
−
                               --mac [0.00], --noStop, --maleLabel [1],
+
                               --mac [0.00], --noStop, --xLabel [X],
−
                              --femaleLabel [2], --xLabel [X],
   
                               --Xstart [2699520], --Xend [154931044], --dosage,
 
                               --Xstart [2699520], --Xend [154931044], --dosage,
 
                               --founderFreq, --h2Only, --fullResult [ON]
 
                               --founderFreq, --h2Only, --fullResult [ON]
Shuang Feng
2,004

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/8560"

Navigation menu