Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search
1,005 bytes added ,  04:33, 17 February 2015
Line 16: Line 16:     
==OUTPUT==
 
==OUTPUT==
*Trait-increasing RAREFY scores and trait-decreasing RAREFY scores are saved in "sim1_simul_rarefy.trait.Decreasing.result" and "sim1_simul_rarefy.trait.Decreasing.result" separately.
+
*Trait-increasing RAREFY scores and trait-decreasing RAREFY scores are saved in "sim1_simul_rarefy.trait.Decreasing.result" and "sim1_simul_rarefy.trait.Increasing.result" separately.
 +
*Use the following command to sort the RAREFY score to select informative individuals:
 +
sort -k7 -gr sim1_simul_rarefy.trait.Increasing.result | head -10
 +
*The top 10 selected individuals are:
 +
famid  pid    fatid  motid  sex      residual rarefy_idv_score rarefy_fam_score
 +
1994    5      1      2      1      4.05563 0.839037        2.73226
 +
1994    2      0      0      2      3.66226 0.829384        2.73226
 +
345    1      0      0      1      3.45514 0.785963        1.95526
 +
345    4      1      2      2      3.20513 0.782924        1.95526
 +
3503    4      1      2      2      3.33598 0.621358        1.85789
 +
3503    1      0      0      1      2.15643 0.619741        1.85789
 +
1994    3      1      2      1      2.25633 0.607197        2.73226
 +
3503    5      1      2      1      2.51068 0.601241        1.85789
 +
1994    4      1      2      2      1.85392 0.437127        2.73226
 +
3860    2      0      0      2      2.45598 0.405228        1.5474
2,004

edits

Navigation menu