Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Variant classification (view source)

Revision as of 11:43, 5 September 2014

117 bytes removed ,  11:43, 5 September 2014
→‎Output
Line 200: Line 200:  
           4 alleles                      :            5265 (0.49) [2924/5975] (0.30) [3375/11122]
 
           4 alleles                      :            5265 (0.49) [2924/5975] (0.30) [3375/11122]
 
           >=5 alleles                    :            1522 (0.58) [1381/2369] (0.15) [757/5143] <br>
 
           >=5 alleles                    :            1522 (0.58) [1381/2369] (0.15) [757/5143] <br>
−
          ======= Structural variants ========<br>
+
      ======= Structural variants ========<br>
−
          no. of structural variants        :      41217
+
      no. of structural variants        :      41217
−
              2 alleles                      :          38079
+
          2 alleles                      :          38079
−
                  deletion                  :                13135
+
              deletion                  :                13135
−
                  insertion                  :                16451
+
              insertion                  :                16451
−
                    mobile element          :                    16253
+
                  mobile element          :                    16253
−
                        ALU                  :                        12513
+
                    ALU                  :                        12513
−
                        LINE1                :                        2911
+
                    LINE1                :                        2911
−
                        SVA                  :                          829
+
                    SVA                  :                          829
−
                    numt                    :                      198
+
                  numt                    :                      198
−
                  duplication                :                  664
+
              duplication                :                  664
−
                  inversion                  :                  100
+
              inversion                  :                  100
−
                  copy number variation      :                7729
+
              copy number variation      :                7729
−
              >=3 alleles                    :            3138
+
          >=3 alleles                    :            3138
−
                  copy number variation      :                3138 <br>
+
              copy number variation      :                3138 <br>
−
          ========= General summary ========== <br>
+
      ========= General summary ========== <br>
−
          no. of reference                  :          0 <br>
+
      no. of observed variants          :  79449759
−
          no. of observed variants          :  79449759
+
      no. of unclassified variants      :          0
−
          no. of unclassified variants      :          0
      
= Maintained by =
 
= Maintained by =
    
This page is maintained by  [mailto:atks@umich.edu Adrian].
 
This page is maintained by  [mailto:atks@umich.edu Adrian].
Atks
1,102

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/11479"

Navigation menu