Changes

     SNP|INDEL<br>

     SNP|INDEL<br>

     REF  AT          #1 ts

     REF  AT           

     ALT  G

     ALT  G           #SNP,INDEL, 1 ts

     MNP|INDEL<br>

     MNP|INDEL<br>

     REF  ATT          #1 ts, 1 tv, 1 del

     REF  ATT        

    ALT  GG         #MNP,INDEL, ts, 1 tv, 1 del

     MNP|CLUMPED<br>

     MNP|CLUMPED<br>

     REF  ATTTT        #2 ts

     REF  ATTTT         

     ALT  GTTTC

     ALT  GTTTC       #MNP,CLUMEPD, 2 ts

     #since all the alleles are of the sample length, classified as MNP too.

     #since all the alleles are of the sample length, classified as MNP too.

     INDEL|CLUMPED<br>

     INDEL|CLUMPED<br>

     REF  ATTTTTTTT    #2 ts, 1 del

     REF  ATTTTTTTT     

    ALT  GTTTC      #INDEL, CLUMPED, 2 ts, 1 del

== Simple Multiallelic Examples ==

== Simple Multiallelic Examples ==