Changes

   vt annotate_indels in.vcf -r hs37d5.fa -o annotated.sites.vcf

   vt annotate_indels in.vcf -r hs37d5.fa -o annotated.sites.vcf

<div style="height:20em; overflow:auto; border: 2px solid #FFF">

 

{{scroll box|text=

   20      82079  .      G      A      1255.98 .      NSAMPLES=1;E=43;N=51;ESUM=43;NSUM=51;FLANKSEQ=GGAGCACGCC[G/A]CCATGCCCGG

   20      82079  .      G      A      1255.98 .      NSAMPLES=1;E=43;N=51;ESUM=43;NSUM=51;FLANKSEQ=GGAGCACGCC[G/A]CCATGCCCGG

   20      101362  .      G      A      1087.13 .      NSAMPLES=1;E=36;N=67;ESUM=36;NSUM=67;FLANKSEQ=TAATACTGAA[G/A]TTTACTTCTC

   20      101362  .      G      A      1087.13 .      NSAMPLES=1;E=36;N=67;ESUM=36;NSUM=67;FLANKSEQ=TAATACTGAA[G/A]TTTACTTCTC

   The following shows the trace of how the algorithm works

   The following shows the trace of how the algorithm works