Changes

<div class=" mw-collapsible mw-collapsed">

<div class=" mw-collapsible mw-collapsed">

   #converts in.bcf to tab format with selected INFO fields

   #converts in.bcf to tab format with selected INFO and FILTER fields

   vt info2tab in.bcf -v -t EX_RL,FZ_RL,MDUST,LOBSTR,VNTRSEEK,RMSK,EX_REPEAT_TRACT

   vt info2tab in.bcf -u PASS -t EX_RL,FZ_RL,MDUST,LOBSTR,VNTRSEEK,RMSK,EX_REPEAT_TRACT

   <div style="height:6em; overflow:auto; border: 2px solid #FFF">

   <div style="height:6em; overflow:auto; border: 2px solid #FFF">

   INPUT

   INPUT

   OUTPUT

   OUTPUT

   ======

   ======

   CHROM POS   REF   ALT N_ALLELE  EX_RL  FZ_RL MDUST LOBSTR VNTRSEEK  RMSK EX_REPEAT_TRACT_1 EX_REPEAT_TRACT_2

   CHROM POS   REF   ALT N_ALLELE PASS EX_RL  FZ_RL MDUST LOBSTR VNTRSEEK  RMSK EX_REPEAT_TRACT_1 EX_REPEAT_TRACT_2

   20 17548608  A   AC 2        2 13 1 1 0   0    17548608                17548608

   20 17548608  A   AC 2        1    2     13 1 1 0   0    17548608                17548608

   20 17548608  AAAAG  A 2        4      13     1 1      0        0    17548609                17548609

   20 17548608  AAAAG  A 2        1    4      13       1       1      0        0    17548609                17548609

<div class="mw-collapsible-content">

<div class="mw-collapsible-content">

   usage : vt info2tab [options] <in.vcf>

   usage : vt info2tab [options] <in.vcf>

    

    

   options : -v  print variant CHROM,POS,REF,ALT,N_ALLELE [false]

   options : -d  debug [false]

            -d  debug [false]

             -f  filter expression []

             -f  filter expression []

             -t  list of info tags to be extracted []

             -u  list of filter tags to be extracted []-t  list of info tags to be extracted []

             -o  output tab delimited file [-]

             -o  output tab delimited file [-]

             -I  file containing list of intervals []

             -I  file containing list of intervals []