Changes

Here is an example of how <code>vcfCodingSnps</code> works:  

Here is an example of how <code>vcfCodingSnps</code> works:  

   vcfCodingSnps -s chrom1-CHB.vcf -g genelist.txt -o annotated-chrom1-CHB.vcf

   vcfCodingSnps -s chrom22-CHB.vcf -g genelist.txt -o annotated-chrom22-CHB.vcf

== Command Line Options  ==

== Command Line Options  ==

   22      14441250        .      t      c      59      mapQ=0  depth=40        GT:GQ:DP        1|1:56:25      1|1:31:15      1|1:32:0

   22      14441250        .      t      c      59      mapQ=0  depth=40        GT:GQ:DP        1|1:56:25      1|1:31:15      1|1:32:0

   22      14443154        .      t      g      45      mapQ=9  depth=92;duples=homs;mac=2      GT:GQ:DP        1|1:49:21      0|0:60:20      1|0:100:51

   22      14443154        .      t      g      45      mapQ=9  depth=92;duples=homs;mac=2      GT:GQ:DP        1|1:49:21      0|0:60:20      1|0:100:51

   22      14446720        .       c      t      52      mapQ=0  depth=81;duples=homs;mac=2      GT:GQ:DP        1|1:23:31      0|0:23:34      1|0:76:16

   ... ...

  22      14446721        .       a      g      49      mapQ=0  depth=82;duples=homs;mac=2      GT:GQ:DP        1|1:21:30      0|0:21:36      1|0:100:16

  22      14449771        .       g      a      78      mapQ=27 depth=68;mac=1;tdt=1/1  GT:GQ:DP        1|0:64:21      0|0:75:36      1|0:28:11