Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

C++ Class: CigarRoller (view source)

Revision as of 16:36, 3 August 2010

1,449 bytes added ,  16:36, 3 August 2010
no edit summary
Line 196: Line 196:  
For Example:
 
For Example:
 
  Reference: ACTGAACCTTGGAAACTGCCGGGGACT
 
  Reference: ACTGAACCTTGGAAACTGCCGGGGACT
−
  Read: ACTGACTGAAACCACT
+
  Read: ACTGACTGAAACCATT
 
  CIGAR: 4M10N4M3I2M4D3M
 
  CIGAR: 4M10N4M3I2M4D3M
 
  POS: 5
 
  POS: 5
Line 202: Line 202:  
This means it aligns:
 
This means it aligns:
 
  Reference: ACTGAACCTTGGAAACTG  CCGGGGACT
 
  Reference: ACTGAACCTTGGAAACTG  CCGGGGACT
−
  Read:      ACTG          ACTGAAACC    ACT
+
  Read:      ACTG          ACTGAAACC    ATT
    
Adding the position:
 
Adding the position:
 
  RefPos:    5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22          23 24 25 26 27 28 29 30 31
 
  RefPos:    5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22          23 24 25 26 27 28 29 30 31
 
  Reference:  A  C  T  G  A  A  C  C  T  T  G  G  A  A  A  C  T  G          C  C  G  G  G  G  A  C  T
 
  Reference:  A  C  T  G  A  A  C  C  T  T  G  G  A  A  A  C  T  G          C  C  G  G  G  G  A  C  T
−
  Read:      A  C  T  G                                A  C  T  G  A  A  A  C  C              A  C T
+
  Read:      A  C  T  G                                A  C  T  G  A  A  A  C  C              A  T T
    
Adding the offsets:
 
Adding the offsets:
Line 213: Line 213:  
  refOffset:  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17          18 19 20 21 22 23 24 25 26
 
  refOffset:  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17          18 19 20 21 22 23 24 25 26
 
  Reference:  A  C  T  G  A  A  C  C  T  T  G  G  A  A  A  C  T  G          C  C  G  G  G  G  A  C  T
 
  Reference:  A  C  T  G  A  A  C  C  T  T  G  G  A  A  A  C  T  G          C  C  G  G  G  G  A  C  T
−
  Read:      A  C  T  G                                A  C  T  G  A  A  A  C  C              A  C T
+
  Read:      A  C  T  G                                A  C  T  G  A  A  A  C  C              A  T T
 
  queryIndex: 0  1  2  3                                4  5  6  7  8  9 10 11 12            13 14 15
 
  queryIndex: 0  1  2  3                                4  5  6  7  8  9 10 11 12            13 14 15
   Line 234: Line 234:     
=== Determining the Number of Reference and Read/Query Overlaps ===
 
=== Determining the Number of Reference and Read/Query Overlaps ===
 +
 +
A useful concept is determining the number of bases that overlap between the reference and the read in a given region.
 +
 +
To do this, use <code>getNumOverlaps</code>, passing in the reference start and end positions for the region as well as the reference position where the read begins.  start is inclusive, while end is exclusive.
 +
 +
Using the above example:
 +
RefPos:    5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22          23 24 25 26 27 28 29 30 31
 +
refOffset:  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17          18 19 20 21 22 23 24 25 26
 +
Reference:  A  C  T  G  A  A  C  C  T  T  G  G  A  A  A  C  T  G          C  C  G  G  G  G  A  C  T
 +
Read:      A  C  T  G                                A  C  T  G  A  A  A  C  C              A  T  T
 +
queryIndex: 0  1  2  3                                4  5  6  7  8  9 10 11 12            13 14 15
 +
 +
getNumOverlaps(5,32,5) = 13 - [5, 32) covers the whole read - 13 cigar positions are "M" (found in both the reference and the read)
 +
getNumOverlaps(5,31,5) = 12 - skips the last overlapping position
 +
getNumOverlaps(0,100,5) = 13 - covers the whole read.
 +
getNumOverlaps(-1, -1,5) = 13 - covers the whole read.
 +
getNumOverlaps(-1,10,5) = 4
 +
getNumOverlaps(10,-1,5) = 9
 +
getNumOverlaps(9,19,5) = 0 - all skipped
 +
getNumOverlaps(9,20,5) = 1
 +
getNumOverlaps(9,6,5) = 0 - start is before end
 +
getNumOverlaps(0,5,5) = 0 - outside of read
 +
getNumOverlaps(32,40,5) = 0 - outside of read
Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/1904"

Navigation menu