Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Sam Library Usage Examples (view source)

Revision as of 11:58, 8 October 2010

3,136 bytes removed ,  11:58, 8 October 2010
no edit summary
Line 20: Line 20:  
   // Open the input file for reading.
 
   // Open the input file for reading.
 
   SamFile samIn;
 
   SamFile samIn;
−
   if(!samIn.OpenForRead(argv[1]))
+
   samIn.OpenForRead(argv[1]);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
      return(samIn.GetStatus());
  −
  }
      
   // Open the output file for writing.
 
   // Open the output file for writing.
 
   SamFile samOut;
 
   SamFile samOut;
−
   if(!samOut.OpenForWrite(argv[2]))
+
   samOut.OpenForWrite(argv[2]);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
      return(samOut.GetStatus());
  −
  }
      
   // Read the sam header.
 
   // Read the sam header.
 
   SamFileHeader samHeader;
 
   SamFileHeader samHeader;
−
   if(!samIn.ReadHeader(samHeader))
+
   samIn.ReadHeader(samHeader);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
      return(samIn.GetStatus());
  −
  }
      
   // Write the sam header.
 
   // Write the sam header.
−
   if(!samOut.WriteHeader(samHeader))
+
   samOut.WriteHeader(samHeader);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
      return(samOut.GetStatus());    
  −
  }
      
   SamRecord samRecord;
 
   SamRecord samRecord;
Line 60: Line 44:  
     {
 
     {
 
         // Successfully read a record from the file, so write it.
 
         // Successfully read a record from the file, so write it.
−
         if(!samOut.WriteRecord(samHeader, samRecord))
+
         samOut.WriteRecord(samHeader, samRecord);
−
        {
  −
            // Failed to write a record.
  −
            fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
            returnStatus = samOut.GetStatus();
  −
        }
  −
    }
  −
 
  −
    if(samIn.GetStatus() != SamStatus::NO_MORE_RECS)
  −
    {
  −
        // Failed to read a record.
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
        // Set the return status to the reason why
  −
        // the read failed.
  −
        returnStatus = samIn.GetStatus();
   
     }
 
     }
   Line 82: Line 52:  
         samOut.GetCurrentRecordCount() << std::endl;
 
         samOut.GetCurrentRecordCount() << std::endl;
   −
     // Since the reads were successful, return the status based
+
     // Return success since a failure would have thrown
−
    // on the status of the writes.  If any failed, return
+
     // an exception.
−
     // their failure status.
   
     return(returnStatus);
 
     return(returnStatus);
 
  }
 
  }
Line 102: Line 71:  
   // Open the input file for reading.
 
   // Open the input file for reading.
 
   SamFile samIn;
 
   SamFile samIn;
−
   if(!samIn.OpenForRead(inputFilename))
+
   samIn.OpenForRead(inputFilename);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
      return(samIn.GetStatus());
  −
  }
      
   // Open the bam index file for reading.
 
   // Open the bam index file for reading.
−
   if(!samIn.ReadBamIndex(indexFilename))
+
   samIn.ReadBamIndex(indexFilename);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
      return(samIn.GetStatus());
  −
  }
      
   // Open the output file for writing.
 
   // Open the output file for writing.
 
   SamFile samOut;
 
   SamFile samOut;
−
   if(!samOut.OpenForWrite(outputFilename))
+
   samOut.OpenForWrite(outputFilename);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
      return(samOut.GetStatus());
  −
  }
      
   // Read the sam header.
 
   // Read the sam header.
 
   SamFileHeader samHeader;
 
   SamFileHeader samHeader;
−
   if(!samIn.ReadHeader(samHeader))
+
   samIn.ReadHeader(samHeader);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
      return(samIn.GetStatus());
  −
  }
      
   // Write the sam header.
 
   // Write the sam header.
−
   if(!samOut.WriteHeader(samHeader))
+
   samOut.WriteHeader(samHeader);
−
  {
  −
      fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
      return(samOut.GetStatus());    
  −
  }
      
   SamRecord samRecord;
 
   SamRecord samRecord;
Line 151: Line 100:  
         numSectionRecords++;
 
         numSectionRecords++;
 
         // Successfully read a record from the file, so write it.
 
         // Successfully read a record from the file, so write it.
−
         if(!samOut.WriteRecord(samHeader, samRecord))
+
         samOut.WriteRecord(samHeader, samRecord);
−
        {
  −
            // Failed to write a record.
  −
            fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
        }
  −
      }
  −
 
  −
      if(samIn.GetStatus() != SamStatus::NO_MORE_RECS)
  −
      {
  −
        // Failed to read a record.
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
   
       }
 
       }
   Line 255: Line 194:  
     SamFile samIn;
 
     SamFile samIn;
 
     // Open the file for reading.   
 
     // Open the file for reading.   
−
     if(!samIn.OpenForRead(inFile))
+
     samIn.OpenForRead(inFile);
−
    {
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
        return(samIn.GetStatus());
  −
    }
      
     // If refName is set, use that.
 
     // If refName is set, use that.
Line 265: Line 200:  
     {
 
     {
 
         // Use Reference Name.
 
         // Use Reference Name.
−
         if(!samIn.SetReadSection(refName.c_str(), start, end))
+
         samIn.SetReadSection(refName.c_str(), start, end);
−
        {
  −
            fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
            return(samIn.GetStatus());
  −
        }
   
     }
 
     }
 
     else
 
     else
 
     {
 
     {
 
         // Use Reference ID
 
         // Use Reference ID
−
         if(!samIn.SetReadSection(refID, start, end))
+
         samIn.SetReadSection(refID, start, end);
−
        {
  −
            fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
            return(samIn.GetStatus());
  −
        }
   
     }
 
     }
    
     // Open the output file for writing.
 
     // Open the output file for writing.
 
     SamFile samOut;
 
     SamFile samOut;
−
     if(!samOut.OpenForWrite(outFile))
+
     samOut.OpenForWrite(outFile);
−
    {
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
        return(samOut.GetStatus());
  −
    }
      
     // Open the bam index file for reading.
 
     // Open the bam index file for reading.
−
     if(!samIn.ReadBamIndex(indexFile))
+
     samIn.ReadBamIndex(indexFile);
−
    {
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
        return(samIn.GetStatus());
  −
    }
     −
     // Read the sam header.
+
     // Read & write the sam header.
 
     SamFileHeader samHeader;
 
     SamFileHeader samHeader;
−
     if(!samIn.ReadHeader(samHeader))
+
     samIn.ReadHeader(samHeader);
−
    {
+
     samOut.WriteHeader(samHeader);
−
        fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
        return(samIn.GetStatus());
  −
     }
  −
   
  −
    // Write the sam header.
  −
    if(!samOut.WriteHeader(samHeader))
  −
    {
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
        return(samOut.GetStatus());    
  −
    }
      
     // Read the sam records.
 
     // Read the sam records.
Line 316: Line 225:  
     int numSectionRecords = 0;
 
     int numSectionRecords = 0;
   −
     // Set returnStatus to success.  It will be changed
+
     // Set returnStatus to success.  
−
    // to the failure reason if any of the writes fail.
   
     SamStatus::Status returnStatus = SamStatus::SUCCESS;
 
     SamStatus::Status returnStatus = SamStatus::SUCCESS;
   Line 324: Line 232:  
     {
 
     {
 
         // Successfully read a record from the file, so write it.
 
         // Successfully read a record from the file, so write it.
−
         if(!samOut.WriteRecord(samHeader, samRecord))
+
         samOut.WriteRecord(samHeader, samRecord);
−
        {
  −
            // Failed to write a record.
  −
            fprintf(stderr, "%s\n", samOut.GetStatusMessage());
  −
            returnStatus = samOut.GetStatus();
  −
        }
   
         ++numSectionRecords;
 
         ++numSectionRecords;
−
    }
  −
  −
    if(samIn.GetStatus() != SamStatus::NO_MORE_RECS)
  −
    {
  −
        // Failed to read a record.
  −
        fprintf(stderr, "%s\n", samIn.GetStatusMessage());
  −
        // Set the return status to the reason why
  −
        // the read failed.
  −
        returnStatus = samIn.GetStatus();
   
     }
 
     }
   Line 365: Line 259:  
   }
 
   }
   −
   SamFile samIn;
+
   SamFile samIn(ErrorHandler::RETURN);
 
   // Open the file for reading.   
 
   // Open the file for reading.   
 
   if(!samIn.OpenForRead(inFile))
 
   if(!samIn.OpenForRead(inFile))
Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/2202"

Navigation menu