Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

VcfCooker (view source)

Revision as of 10:45, 20 January 2012

1,804 bytes added ,  10:45, 20 January 2012
→‎Basic Usage
Line 10: Line 10:     
  The following parameters are available.  Ones with "[]" are in effect:
 
  The following parameters are available.  Ones with "[]" are in effect:
−
+
 
 
  Available Options
 
  Available Options
−
                      Recipes : --write-bed, --write-vcf, --upgrade,
+
                          Recipes : --write-bed, --write-vcf, --upgrade,
−
                                --summarize, --filter
+
                                    --summarize, --filter, --subset
−
            VCF Input options : --in-vcf []
+
                VCF Input options : --in-vcf []
−
            BED Input options : --in-bfile [], --in-bed [], --in-bim [],
+
                BED Input options : --in-bfile [], --in-bed [], --in-bim [],
−
                                --in-fam [],
+
                                    --in-fam [],
−
                                --ref [/data/local/ref/karma.ref/human.g1k.v37.fa]
+
                                    --ref [/data/local/ref/karma.ref/human.g1k.v37.fa]
−
                Output Options : --out [./vcfCooker]
+
              Subsetting options : --in-subset [], --mono-subset,
−
    Output compression Options : --plain [ON], --bgzf, --gzip
+
                                    --filt-only-subset
−
                Filter Options : --winIndel, --indelVCF [], --minQUAL, --minMQ,
+
                  Output Options : --out [./vcfCooker], --qGeno,
−
                                --maxDP [2147483647], --minDP, --maxAB [100],
+
                                    --print-every [10000]
−
                                --winFFRQ, --maxFFRQ, --minNS,
+
      Output compression Options : --plain [ON], --bgzf, --gzip
−
                                --maxSTP [2147483647], --maxTTT [2147483647],
+
    Genotype-level Filter Options : --minGQ, --minGD
−
                                --minTTT [-2147483648]
+
                  Filter Options : --winIndel, --indelVCF [], --minQUAL,
−
 
+
                                    --minMQ, --maxDP [2147483647], --minDP,
 +
                                    --maxABL [100], --winFFRQ, --maxFFRQ,
 +
                                    --winFVAR, --merFVAR, --maxFVAR, --minNS,
 +
                                    --maxSTP [2147483647],
 +
                                    --maxTTT [2147483647],
 +
                                    --minTTT [-2147483648], --maxSTR [100],
 +
                                    --minSTR [-100], --maxSTZ [2147483647],
 +
                                    --minSTZ [-2147483648], --maxCBR [100],
 +
                                    --minCBR [-100], --maxQBR [100],
 +
                                    --minQBR [-100], --maxCBZ [2147483647],
 +
                                    --maxCSR [100], --minCSR [-100],
 +
                                    --maxLQZ [2147483647],
 +
                                    --minLQZ [-2147483648],
 +
                                    --maxRBZ [2147483647],
 +
                                    --minRBZ [-2147483648],
 +
                                    --maxIOZ [2147483647],
 +
                                    --minIOR [-2147483648],
 +
                                    --maxIOR [2147483647],
 +
                                    --maxAOZ [2147483647],
 +
                                    --maxAOI [2147483647], --maxMQ0 [100],
 +
                                    --maxMQ10 [100], --maxMQ20 [100],
 +
                                    --minFIC [-2147483648], --minABE [-100],
 +
                                    --maxABE [100], --maxLQR [100],
 +
                                    --minMBR [-100], --maxMBR [100],
 +
                                    --minABZ [-2147483648],
 +
                                    --maxABZ [2147483647],
 +
                                    --maxBCS [2147483647], --keepFilter
    
== Upgrading glfMultiples outputs (v 3.3 to v 4.0)  ==
 
== Upgrading glfMultiples outputs (v 3.3 to v 4.0)  ==
Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/4316"

Navigation menu