Changes

RAREMETALWORKER generates prefix.traitName.singlevar.score.txt, e.g. prefix.HDL.singlevar.score.txt

RAREMETALWORKER generates prefix.traitName.singlevar.score.txt, e.g. prefix.HDL.singlevar.score.txt

    

    

  ##ProgramName=RareMetalWorker

##ProgramName=RareMetalWorker

  ##Version=0.0.7

##Version=0.1.0_beta

  ##Samples=2778

##Samples=11619

  ##AnalyzedSamples=2778

##AnalyzedSamples=5916

  ##Families=2778

##Families=1257

  ##AnalyzedFamilies=2778

##AnalyzedFamilies=1117

  ##Founders=2778

##Founders=3611

  ##AnalyzedFounders=2778

##AnalyzedFounders=1023

  ##Covariates=sex,age,age2,pc1,pc2

##Covariates=AGE,AGE2,SEX

  ##CovariateSummaries    min    25th    median  75th    max    mean    variance

##CovariateSummaries    min    25th    median  75th    max    mean    variance

  ##sex   1      1      1      2       2      1.33873 0.224074

##AGE   14      29.2   41.9    57      101.3   43.5354 311.366

   ##age  21      54      65      73      91      63.0734 157.295

##AGE2 196     852.64  1755.61 3249   10261.7 2206.65 2.77293e+06

  ##age2 441     2916   4225    5329    8281    4135.5  2.33363e+06

##SEX   1      1      2      2      2      1.5764 0.244204

  ##pc1   -0.1834 -0.0039 0.0016  0.0068 0.026  0.000368719    0.000147096

  ##InverseNormal=ON

  ##pc2  -0.0942 -0.007  -0.001  0.0053  0.0912 -0.000418035    0.000150827

##TraitSummaries        min    25th    median  75th    max    mean    variance

  ##InverseNormal=ON

##LDL   27.4    101.822 125.036 149.922 330.482 127.381 1264.63

  ##TraitSummaries        min    25th    median  75th    max    mean    variance

##AnalyzedTrait -3.7613 -0.674224      0.000211852    0.674756       3.7613  -2.32127e-12    0.999947

  ##HDL   -3.5797 -0.6737 -0.0052 0.6694  3.5797  0.000389273    0.997184

##Heritability=33.953%

  ##AnalyzedTrait -3.56781        -0.67449        -0.000451157    0.673357       3.56781 3.01766e-11    0.999888

#CHROM  POS    REF    ALT    N_INFORMATIVE  FOUNDER_AF      ALL_AF  INFORMATIVE_ALT_AC      CALL_RATE      HWE_PVALUE      N_REF  N_HET  N_ALT  U_STAT  SQRT_V_STAT    ALT_EFFSIZE    PVALUE SE

  ##Heritability=0%

1      762320 C      T      5916    0.00635386      0.00388776      46      1      1       5870   46      0      3.42523 6.57314 0.0792763      0.602301       0.152149

  #CHROM  POS    REF    ALT    N_INFORMATIVE  FOUNDER_AF      ALL_AF  INFORMATIVE_ALT_AC      CALL_RATE      HWE_PVALUE      N_REF  N_HET  N_ALT  U_STAT  SQRT_V_STAT    ALT_EFFSIZE    PVALUE

1      865545  G      A      5916   0.000488759    8.45166e-05    1      1      1       5915   1      0      1.32644 1.07745 1.14259 0.21829 0.928141

  1      564766 T      C       2778   0.220122       0.220122        1223   1      0       2166   1      611    -51.7512        43.6541 -0.0271435      0.235827

1      865584 G       A       5916   0      0      0      1      1      5916   0      0      NA      NA      NA      NA      NA

  1      564862 T       C       2778   0      0      5556    1      1      0      0      2778   0      0      nan    nan

1      865628 G       A       5916   0.00782014      0.00566261      67     1      1      5849    67     0      16.4313 7.82519 0.268338       0.0357464      0.127813

  1      565111 T       C       2778   0.0170986      0.0170986      95     1      4.19613e-102    2730    1      47     24.0897 13.6258 0.129688       0.0770708

=== Rvtests  Example ===

=== Rvtests  Example ===

   1      564862  T      C      2659    NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA

   1      564862  T      C      2659    NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA

   1      565111  T      C      2659    0.0161715      86      1      4.01334e-96    2616    0      43      0.457052        13.0052 0.00270229      0.971965

   1      565111  T      C      2659    0.0161715      86      1      4.01334e-96    2616    0      43      0.457052        13.0052 0.00270229      0.971965

== Input covariance test statistic file ==

== Input covariance test statistic file ==