Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Bam read count (view source)

Revision as of 18:13, 21 February 2012

806 bytes added ,  18:13, 21 February 2012
→‎Output files
Line 47: Line 47:     
== Output files ==
 
== Output files ==
 +
 +
* --exon_out
 +
 +
##Mapped2targets reads: 19220055
 +
#Chr    Start  End    Len    ReadCnt RPM    RPKM    %GC    nReadGCBin
 +
12      53701240        53701497        AAAS    257    55      2.862  11.135  56.42  581629
 +
12      53701628        53701713        AAAS    85      16      0.832  9.794  60.00  324929
 +
12      53701835        53701917        AAAS    82      22      1.145  13.959  51.22  611596
 +
...
 +
 +
* --gene_out
 +
##Mapped2targets reads: 19220055
 +
#Gene  Len    ReadCnt RPM    RPKM    %GC    nReadGCBin
 +
AAAS:12 1836    360    18.730  10.202  57.52  389925
 +
AAA1:7  6184    0      0.000  0.000  37.18  289310
 +
AACS:12 3322    700    36.420  10.963  55.72  835010
 +
AACSL:5 2171    15      0.780  0.359  49.65  443653
 +
AADAC:3 1607    172    8.949  5.569  38.39  468603
    
== Contact ==
 
== Contact ==
Bingshan
480

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/4662"

Navigation menu