Changes

Minimac3 Usage (view source)

77 bytes added , 21:52, 17 October 2015

Line 11: Line 11:

Command Line Options:

−

Reference Haplotypes : --refHaps [], --passOnly

+

Reference Haplotypes : --refHaps [], --passOnly, --rsid

Target Haplotypes : --haps []

−

Output Parameters : ~~--processReference,~~ --prefix [Minimac3.Output],

+

Output Parameters : --prefix [Minimac3.Output], --processReference,

−

--updateModel, --nobgzip, --doseOutput, --hapOutput,

+

--updateModel, --nobgzip, --vcfOutput [ON],

−

--format [GT,DS]

+

--doseOutput, --hapOutput, --format [GT,DS],

+

--allTypedSites

Subset Parameters : --chr [], --start, --end, --window

Starting Parameters : --rec [], --err []

Estimation Parameters : --rounds [5], --states [200]

−

Other Parameters : --help, --cpus [1], --params

+

Other Parameters : --log, --help, --cpus [1], --params

PhoneHome : --noPhoneHome, --phoneHomeThinning [50]

487

edits