Line 8: |
Line 8: |
| * The [[RAREMETAL_FAQ | '''FAQ''']] | | * The [[RAREMETAL_FAQ | '''FAQ''']] |
| | | |
− | ==List of Options ==
| + | Options: |
− | | + | Input Files : --ped [], --dat [], --vcf [], --dosage, --noeof |
− | Options:
| + | Output Files : --prefix [], --LDwindow [1000000], --zip, --thin, |
− | Input Files : --ped [], --dat [], --vcf [], --dosage, --noeof
| + | --labelHits |
− | Output Files : --prefix [], --LDwindow [1000000], --zip, --thin,
| + | VC Options : --vcX, --separateX |
− | --labelHits
| + | Trait Options : --makeResiduals, --inverseNormal, --traitName [] |
− | VC Options : --vcX, --separateX
| + | Model Options : --recessive, --dominant |
− | Trait Options : --makeResiduals, --inverseNormal, --traitName []
| + | Kinship Source : --kinPedigree, --kinGeno, --kinFile [], --kinxFile [], |
− | Model Options : --recessive, --dominant
| + | --kinSave |
− | Kinship Source : --kinPedigree, --kinGeno, --kinFile [], --kinxFile [],
| + | Kinship Options : --kinMaf [0.05], --kinMiss [0.05] |
− | --kinSave
| + | Chromosome X : --xLabel [X], --xStart [2699520], --xEnd [154931044], |
− | Kinship Options : --kinMaf [0.05], --kinMiss [0.05]
| + | --maleLabel [1], --femaleLabel [2] |
− | Chromosome X : --xLabel [X], --xStart [2699520], --xEnd [154931044],
| + | others : --cpu [1], --kinOnly, |
− | --maleLabel [1], --femaleLabel [2]
| + | --geneMap [../data/refFlat_hg19.txt] |
− | PhoneHome : --noPhoneHome, --phoneHomeThinning [100]
| + | PhoneHome : --noPhoneHome, --phoneHomeThinning [100] |
| | | |
| ==Input Files== | | ==Input Files== |