Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Summary Statistics Files Specification for RAREMETAL and rvtests (view source)

Revision as of 11:39, 29 August 2019

94 bytes added ,  11:39, 29 August 2019
Add rmw category tag
Line 1: Line 1:  
[[Category:Software]]
 
[[Category:Software]]
 +
[[Category:RAREMETAL]]
 +
[[Category:RAREMETALWORKER]]
 +
[[Category:rvtests]]
 
= Summary Files Specification for RAREMETAL =
 
= Summary Files Specification for RAREMETAL =
 
RAREMETAL use summary statistics files to perform meta-analysis. These includes (1) score statistics file and (2) covariance file.
 
RAREMETAL use summary statistics files to perform meta-analysis. These includes (1) score statistics file and (2) covariance file.
Line 31: Line 34:  
# PVALUE                P-value
 
# PVALUE                P-value
   −
=== RAREMETALWORKER ===
+
=== RAREMETALWORKER Example ===
    
RAREMETALWORKER generates prefix.traitName.singlevar.score.txt, e.g. prefix.HDL.singlevar.score.txt
 
RAREMETALWORKER generates prefix.traitName.singlevar.score.txt, e.g. prefix.HDL.singlevar.score.txt
 
    
 
    
−
  ##ProgramName=RareMetalWorker
+
##ProgramName=RareMetalWorker
−
  ##Version=0.0.7
+
##Version=0.3.4
−
  ##Samples=2778
+
##Samples=11619
−
  ##AnalyzedSamples=2778
+
##AnalyzedSamples=5916
−
  ##Families=2778
+
##Families=1257
−
  ##AnalyzedFamilies=2778
+
##AnalyzedFamilies=1117
−
  ##Founders=2778
+
##Founders=3611
−
  ##AnalyzedFounders=2778
+
##AnalyzedFounders=1023
−
  ##Covariates=sex,age,age2,pc1,pc2
+
##Covariates=AGE,AGE2,SEX
−
  ##CovariateSummaries    min    25th    median  75th    max    mean    variance
+
##CovariateSummaries    min    25th    median  75th    max    mean    variance
−
  ##sex   1      1      1      2       2      1.33873 0.224074
+
##AGE   14      29.2   41.9    57      101.3   43.5354 311.366
−
   ##age  21      54      65      73      91      63.0734 157.295
+
##AGE2 196     852.64  1755.61 3249   10261.7 2206.65 2.77293e+06
−
  ##age2 441     2916   4225    5329    8281    4135.5  2.33363e+06
+
##SEX   1      1      2      2      2      1.5764 0.244204
−
  ##pc1   -0.1834 -0.0039 0.0016  0.0068 0.026  0.000368719    0.000147096
+
  ##InverseNormal=ON
−
  ##pc2  -0.0942 -0.007  -0.001  0.0053  0.0912 -0.000418035    0.000150827
+
##TraitSummaries        min    25th    median  75th    max    mean    variance
−
  ##InverseNormal=ON
+
##TRAIT   27.4    101.822 125.036 149.922 330.482 127.381 1264.63
−
  ##TraitSummaries        min    25th    median  75th    max    mean    variance
+
##AnalyzedTrait -3.7613 -0.674224      0.000211852    0.674756       3.7613  -2.32127e-12    0.999947
−
  ##HDL   -3.5797 -0.6737 -0.0052 0.6694  3.5797  0.000389273    0.997184
+
##Heritability=33.953%
−
  ##AnalyzedTrait -3.56781        -0.67449        -0.000451157    0.673357       3.56781 3.01766e-11    0.999888
+
#CHROM  POS    REF    ALT    N_INFORMATIVE  FOUNDER_AF      ALL_AF  INFORMATIVE_ALT_AC      CALL_RATE      HWE_PVALUE      N_REF  N_HET  N_ALT  U_STAT  SQRT_V_STAT    ALT_EFFSIZE    PVALUE SE
−
  ##Heritability=0%
+
1      762320 C      T      5916    0.00635386      0.00388776      46      1      1       5870   46      0      3.42523 6.57314 0.0792763      0.602301       0.152149
−
  #CHROM  POS    REF    ALT    N_INFORMATIVE  FOUNDER_AF      ALL_AF  INFORMATIVE_ALT_AC      CALL_RATE      HWE_PVALUE      N_REF  N_HET  N_ALT  U_STAT  SQRT_V_STAT    ALT_EFFSIZE    PVALUE
+
1      865545  G      A      5916   0.000488759    8.45166e-05    1      1      1       5915   1      0      1.32644 1.07745 1.14259 0.21829 0.928141
−
  1      564766 T      C       2778   0.220122       0.220122        1223   1      0       2166   1      611    -51.7512        43.6541 -0.0271435      0.235827
+
1      865584 G       A       5916   0      0      0      1      1      5916   0      0      NA      NA      NA      NA      NA
−
  1      564862 T       C       2778   0      0      5556    1      1      0      0      2778   0      0      nan    nan
+
1      865628 G       A       5916   0.00782014      0.00566261      67     1      1      5849    67     0      16.4313 7.82519 0.268338       0.0357464      0.127813
−
  1      565111 T       C       2778   0.0170986      0.0170986      95     1      4.19613e-102    2730    1      47     24.0897 13.6258 0.129688       0.0770708
     −
=== Rvtests  ===
+
=== Rvtests  Example ===
 
Rvtests generates prefix.MetaScore.assoc, e.g. prefix.MetaScore.assoc
 
Rvtests generates prefix.MetaScore.assoc, e.g. prefix.MetaScore.assoc
   Line 84: Line 86:  
   1      564862  T      C      2659    NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
 
   1      564862  T      C      2659    NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA      NA
 
   1      565111  T      C      2659    0.0161715      86      1      4.01334e-96    2616    0      43      0.457052        13.0052 0.00270229      0.971965
 
   1      565111  T      C      2659    0.0161715      86      1      4.01334e-96    2616    0      43      0.457052        13.0052 0.00270229      0.971965
−
      
== Input covariance test statistic file ==
 
== Input covariance test statistic file ==
Line 102: Line 103:  
# COV  (rvtests only)                    Covariance matrix between test statistics
 
# COV  (rvtests only)                    Covariance matrix between test statistics
   −
=== RAREMETALWORKER ===
+
=== RAREMETALWORKER Example ===
 
RAREMETALWORKER generates prefix.traitName.singlevar.cov.txt, e.g. prefix.HDL.singlevar.cov.txt
 
RAREMETALWORKER generates prefix.traitName.singlevar.cov.txt, e.g. prefix.HDL.singlevar.cov.txt
 
    
 
    
Line 110: Line 111:  
   1  878744    878744,879381,1560000,1864659,1877659        0.000404537,-0.000235215,-1.4455e-05,-8.69137e-06,-3.1027e-05,
 
   1  878744    878744,879381,1560000,1864659,1877659        0.000404537,-0.000235215,-1.4455e-05,-8.69137e-06,-3.1027e-05,
   −
=== Rvtests ===
+
=== Rvtests Example ===
 
Rvtests generates prefix.MetaCov.assoc.gz, e.g. prefix.HDL.MetaCov.assoc.gz
 
Rvtests generates prefix.MetaCov.assoc.gz, e.g. prefix.HDL.MetaCov.assoc.gz
 
Later version of rvtests will also generate tabix index file, prefix.MetaCov.assoc.gz
 
Later version of rvtests will also generate tabix index file, prefix.MetaCov.assoc.gz
Abought
32

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/9004...15131"

Navigation menu