Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Test EPACTS for DIAGRAM (view source)

Revision as of 17:20, 1 October 2012

1,472 bytes added ,  17:20, 1 October 2012
→‎Expected output
Line 76: Line 76:     
1.  '''test.epacts.gz''' contains all the association results.  
 
1.  '''test.epacts.gz''' contains all the association results.  
−
<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.epacts
+
<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.single.b.score.epacts
−
#CHROM BEGIN END MARKER_ID NS AC CALLRATE MAF PVALUE SCORE
+
#CHROM BEGIN   END     MARKER_ID       NS     AC     CALLRATE       MAF     PVALUE SCORE   N.CASE  N.CTRL  AF.CASE AF.CTRL
−
20 68303 68303 20:68303_A/G_Upstream:DEFB125 266 1 1 0.0018797 NA NA
+
20     68303   68303   20:68303_A/G_Upstream:DEFB125   266     1       1       0.0018797       NA      NA      NA      NA      NA     NA
−
20 68319 68319 20:68319_C/A_Upstream:DEFB125 266 0 1 0 NA NA
+
20     68319   68319   20:68319_C/A_Upstream:DEFB125   266     0       1       0       NA      NA      NA      NA      NA     NA
−
20 68396 68396 20:68396_C/T_Nonsynonymous:DEFB125 266 1 1 0.0018797 NA NA
+
20     68396   68396   20:68396_C/T_Nonsynonymous:DEFB125     266     1       1       0.0018797       NA     NA      NA      NA      NA      NA
−
20 76635 76635 20:76635_A/T_Intron:DEFB125 266 0 1 0 NA NA
+
20     76635   76635   20:76635_A/T_Intron:DEFB125     266     0       1       0       NA     NA      NA      NA      NA      NA
−
20 76689 76689 20:76689_T/C_Synonymous:DEFB125 266 0 1 0 NA NA
+
20     76689   76689   20:76689_T/C_Synonymous:DEFB125 266     0       1       0       NA      NA      NA      NA     NA      NA
−
20 76690 76690 20:76690_T/C_Nonsynonymous:DEFB125 266 1 1 0.0018797 NA NA
+
20     76690   76690   20:76690_T/C_Nonsynonymous:DEFB125     266     1       1       0.0018797       NA     NA      NA      NA      NA      NA
−
20 76700 76700 20:76700_G/A_Nonsynonymous:DEFB125 266 0 1 0 NA NA
+
20     76700   76700   20:76700_G/A_Nonsynonymous:DEFB125     266     0       1       0       NA     NA      NA      NA      NA      NA
−
20 76726 76726 20:76726_C/G_Nonsynonymous:DEFB125 266 0 1 0 NA NA
+
20     76726   76726   20:76726_C/G_Nonsynonymous:DEFB125     266     0       1       0       NA      NA      NA      NA      NA     NA
−
20 76771 76771 20:76771_C/T_Nonsynonymous:DEFB125 266 3 1 0.0056391 0.68484 0.40587
+
20     76771   76771   20:76771_C/T_Nonsynonymous:DEFB125     266     3       1       0.0056391       0.68484 0.40587 145    121    0.013793        0.0082645
    
</pre>  
 
</pre>  
 
2. &nbsp;'''test.epacts.top5000''' contains the top 5000 associated variants ordered by p-value.  
 
2. &nbsp;'''test.epacts.top5000''' contains the top 5000 associated variants ordered by p-value.  
 
<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.single.b.score.epacts.top5000  
 
<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.single.b.score.epacts.top5000  
−
#CHROM BEGIN END MARKER_ID NS AC CALLRATE MAF PVALUE SCORE
+
#CHROM BEGIN   END     MARKER_ID       NS     AC     CALLRATE       MAF     PVALUE SCORE   N.CASE  N.CTRL  AF.CASE AF.CTRL
−
20 1610894 1610894 20:1610894_G/A_Synonymous:SIRPG 266 136 1 0.25564 0.0001097 3.8681
+
20     1610894 1610894 20:1610894_G/A_Synonymous:SIRPG 266     136     1       0.25564 0.0001097       3.8681 145    121    0.64138 0.35537
−
20 4162411 4162411 20:4162411_T/C_Intron:SMOX 266 204 1 0.38346 0.00055585 -3.4523
+
20     4162411 4162411 20:4162411_T/C_Intron:SMOX     266     204     1       0.38346 0.00055585     -3.4523 145    121    0.62759 0.93388
−
20 34061918 34061918 20:34061918_T/C_Intron:CEP250 266 39 1 0.073308 0.0011231 3.2577
+
20     34061918       34061918       20:34061918_T/C_Intron:CEP250   266     39     1       0.073308       0.0011231       3.2577 145    121    0.21379 0.066116
−
20 4155948 4155948 20:4155948_G/A_Intron:SMOX 266 215 1 0.40414 0.0020791 -3.0787
+
20     4155948 4155948 20:4155948_G/A_Intron:SMOX     266     215     1       0.40414 0.0020791       -3.0787 145    121    0.68276 0.95868
−
20 4680251 4680251 20:4680251_A/G_Nonsynonymous:PRNP 266 186 1 0.34962 0.0025962 3.0119
+
20     4680251 4680251 20:4680251_A/G_Nonsynonymous:PRNP       266     186     1       0.34962 0.0025962       3.0119 145    121    0.8069  0.57025
−
20 36668874 36668874 20:36668874_G/A_Synonymous:RPRD1B 266 96 1 0.18045 0.003031 2.9646
+
20     36668874       36668874       20:36668874_G/A_Synonymous:RPRD1B       266     96     1       0.18045 0.003031       2.9646 145    121    0.44828 0.2562
−
20 36641871 36641871 20:36641871_G/A_Synonymous:TTI1 266 10 1 0.018797 0.004308 -2.8547
+
20     36641871       36641871       20:36641871_G/A_Synonymous:TTI1 266     10     1       0.018797       0.004308       -2.8547 145    121    0.0068966      0.07438
−
20 32664926 32664926 20:32664926_G/A_Nonsynonymous:RALY 266 20 1 0.037594 0.0046365 2.8313
+
20     32664926       32664926       20:32664926_G/A_Nonsynonymous:RALY     266     20     1       0.037594       0.0046365       2.8313 145    121    0.11724 0.024793
−
20 34288854 34288854 20:34288854_C/T_Utr3:ROMO1 266 28 1 0.052632 0.0047722 2.822
+
20     34288854       34288854       20:34288854_C/T_Utr3:ROMO1     266     28     1       0.052632       0.0047722       2.822   145    121    0.15862 0.041322
 +
 
 
</pre>  
 
</pre>  
 
3. &nbsp;'''test.epacts.qq.pdf''' contains the Q-Q plot of test p-values (stratified by MAF)<br>[[Image:Test b score epacts qq.png]]  
 
3. &nbsp;'''test.epacts.qq.pdf''' contains the Q-Q plot of test p-values (stratified by MAF)<br>[[Image:Test b score epacts qq.png]]  
Clement Ma
216

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/5353"

Navigation menu