Changes

1.  '''test.epacts.gz''' contains all the association results.  

1.  '''test.epacts.gz''' contains all the association results.  

<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.single.b.score.epacts

<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.epacts

#CHROM  BEGIN  END    MARKER_ID      NS      AC      CALLRATE        MAF    PVALUE  SCORE  N.CASE  N.CTRL  AF.CASE AF.CTRL

#CHROM  BEGIN  END    MARKER_ID      NS      AC      CALLRATE        MAF    PVALUE  SCORE  N.CASE  N.CTRL  AF.CASE AF.CTRL

20      68303  68303  20:68303_A/G_Upstream:DEFB125  266    1      1      0.0018797      NA      NA      NA      NA      NA      NA

20      68303  68303  20:68303_A/G_Upstream:DEFB125  266    1      1      0.0018797      NA      NA      NA      NA      NA      NA

</pre>  

</pre>  

2. &nbsp;'''test.epacts.top5000''' contains the top 5000 associated variants ordered by p-value.  

2. &nbsp;'''test.epacts.top5000''' contains the top 5000 associated variants ordered by p-value.  

<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.single.b.score.epacts.top5000  

<pre>$ head {OUTPUT_DIR}/test.epacts.top5000  

#CHROM  BEGIN  END    MARKER_ID      NS      AC      CALLRATE        MAF    PVALUE  SCORE  N.CASE  N.CTRL  AF.CASE AF.CTRL

#CHROM  BEGIN  END    MARKER_ID      NS      AC      CALLRATE        MAF    PVALUE  SCORE  N.CASE  N.CTRL  AF.CASE AF.CTRL

20      1610894 1610894 20:1610894_G/A_Synonymous:SIRPG 266    136    1      0.25564 0.0001097      3.8681  145    121    0.64138 0.35537

20      1610894 1610894 20:1610894_G/A_Synonymous:SIRPG 266    136    1      0.25564 0.0001097      3.8681  145    121    0.64138 0.35537