Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

QPLOT (view source)

Revision as of 11:16, 4 September 2011

27 bytes added ,  11:16, 4 September 2011
→‎Example output
Line 88: Line 88:  
* Summary statistics text file
 
* Summary statistics text file
 
  TotalReads(e6)  72.94  64.52  74.87  62.25  67.21
 
  TotalReads(e6)  72.94  64.52  74.87  62.25  67.21
−
MappingRate(%)  97.62  97.51  97.75  97.52  97.35
+
MappingRate(%)  97.62  97.51  97.75  97.52  97.35
−
MapRate_MQpass(%)      97.62  97.51  97.75  97.52  97.35
+
MapRate_MQpass(%)      97.62  97.51  97.75  97.52  97.35
−
TargetMapping(%)        45.53  45.51  46.39  45.81  46.23
+
TargetMapping(%)        45.53  45.51  46.39  45.81  46.23
−
ZeroMapQual(%)  11.52  11.64  11.77  10.97  11.14
+
ZeroMapQual(%)  11.52  11.64  11.77  10.97  11.14  
−
MapQual<10(%)  11.91  12.03  12.17  11.34  11.52
+
MapQual<10(%)  11.91  12.03  12.17  11.34  11.52
−
PairedReads(%)  100.00  100.00  100.00  100.00  100.00
+
PairedReads(%)  100.00  100.00  100.00  100.00  100.00
−
ProperPaired(%) 96.14  96.10  96.34  95.60  95.91
+
ProperPaired(%) 96.14  96.10  96.34  95.60  95.91  
−
MappedBases(e9) 2.11    1.87    2.20    1.82    1.97
+
MappedBases(e9) 2.11    1.87    2.20    1.82    1.97
−
Q20Bases(e9)    2.05    1.81    2.13    1.76    1.91
+
Q20Bases(e9)    2.05    1.81    2.13    1.76    1.91
−
Q20BasesPct(%)  97.12  96.98  96.75  96.90  96.91
+
Q20BasesPct(%)  97.12  96.98  96.75  96.90  96.91
−
MeanDepth      35.08  31.05  36.55  30.30  32.82
+
MeanDepth      35.08  31.05  36.55  30.30  32.82
−
GenomeCover(%)  2.10    2.10    2.10    2.09    2.10
+
GenomeCover(%)  2.10    2.10    2.10    2.09    2.10
−
EPS_MSE 8.89    6.88    8.50    13.32  6.86
+
EPS_MSE 8.89    6.88    8.50    13.32  6.86
−
EPS_Cycle_Mean  26.04  25.88  25.86  26.12  25.77
+
EPS_Cycle_Mean  26.04  25.88  25.86  26.12  25.77
−
GCBiasMSE      0.04    0.05    0.04    0.07    0.04
+
GCBiasMSE      0.04    0.05    0.04    0.07    0.04
−
ISize_mode      250    250    249    210    250
+
ISize_mode      250    250    249    210    250
−
ISize_medium    271    270    270    260    270
+
ISize_medium    271    270    270    260    270  
−
DupRate(%)      3.50    3.79    3.27    4.51    3.56
+
DupRate(%)      3.50    3.79    3.27    4.51    3.56
−
QCFailRate(%)  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
+
QCFailRate(%)  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
−
BaseComp_A(%)  26.3    26.4    26.3    26.8    26.3
+
BaseComp_A(%)  26.3    26.4    26.3    26.8    26.3
−
BaseComp_C(%)  23.7    23.6    23.7    23.2    23.7
+
BaseComp_C(%)  23.7    23.6    23.7    23.2    23.7
−
BaseComp_G(%)  23.2    23.0    23.2    22.7    23.1
+
BaseComp_G(%)  23.2    23.0    23.2    22.7    23.1
−
BaseComp_T(%)  26.8    27.1    26.8    27.3    26.9
+
BaseComp_T(%)  26.8    27.1    26.8    27.3    26.9
−
BaseComp_O(%)  0.0    0.0    0.0    0.0    0.0
+
BaseComp_O(%)  0.0    0.0    0.0    0.0    0.0
Bingshan
480

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/3646"

Navigation menu