Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

QPLOT (view source)

Revision as of 11:15, 4 September 2011

464 bytes removed ,  11:15, 4 September 2011
→‎Example output
Line 87: Line 87:     
* Summary statistics text file
 
* Summary statistics text file
−
  TotalReads(e6)  75.74   76.37   76.33   76.47   76.76  76.33  76.34  75.30
+
  TotalReads(e6)  72.94   64.52   74.87   62.25   67.21
−
MappingRate(%)  95.27   95.21   95.68   95.64   95.49   95.99   95.72   95.54
+
MappingRate(%)  97.62  97.51   97.75   97.52   97.35
−
MapRate_pass(%) 95.27   95.21   95.68   95.64   95.49  95.99  95.72  95.54
+
MapRate_MQpass(%)      97.62   97.51   97.75   97.52   97.35
−
ZeroMapQual(%)  3.91    3.90    3.86    3.95    3.65    3.44    3.47    3.46
+
TargetMapping(%)       45.53   45.51   46.39   45.81   46.23
−
MapQual<10(%)  4.15    4.16    4.12   4.22    3.91    3.69    3.72    3.72
+
ZeroMapQual(%)  11.52  11.64  11.77  10.97  11.14
−
TargetMapping(%)        0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
+
MapQual<10(%)  11.91  12.03  12.17  11.34  11.52
−
PairedReads(%) 100.00  100.00  100.00 100.00  100.00  100.00  100.00  100.00
+
PairedReads(%)  100.00  100.00  100.00  100.00  100.00
−
ProperPaired(%) 91.74   90.92   92.53   92.19   91.74  92.64  91.99  92.10
+
ProperPaired(%) 96.14   96.10   96.34   95.60   95.91
−
MappedBases(e9) 7.62   7.51   7.56   7.52   7.55    7.60    7.62    7.41
+
MappedBases(e9) 2.11   1.87   2.20   1.82   1.97
−
Q20Bases(e9)    7.41   7.35   7.42   7.37   7.40    7.44    7.47    7.28
+
Q20Bases(e9)    2.05   1.81   2.13   1.76   1.91
−
Q20BasesPct(%)  97.27   97.96  98.16   98.02   98.00   97.99   98.12   98.16
+
Q20BasesPct(%)  97.12   96.98  96.75   96.90   96.91
−
  MeanDepth      3.01   2.98   3.01   2.99   2.99   3.00   2.99   2.93
+
MeanDepth      35.08   31.05   36.55   30.30   32.82
−
  GenomeCover(%)  88.45  87.92  87.74   87.88  88.00   88.37   88.78  88.21
+
GenomeCover(%) 2.10   2.10   2.10   2.09   2.10
−
GCBiasMSE      0.02    0.02    0.02    0.02   0.02   0.02   0.02   0.02
+
EPS_MSE 8.89   6.88   8.50   13.32  6.86
−
ISize_mode      242    267    284    282     268     258     260     262
+
EPS_Cycle_Mean 26.04   25.88  25.86   26.12   25.77
−
ISize_medium    241     268     285     281    269    258    259     262
+
GCBiasMSE      0.04   0.05   0.04   0.07   0.04
−
DupRate(%)      1.58   1.55   1.77   1.71    1.46    1.51    1.73    1.95
+
ISize_mode      250     250     249     210     250
−
QCFailRate(%)  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
+
ISize_medium    271     270     270     260     270
−
BaseComp_A(%)  30.3    30.1    30.6   30.3    30.0    30.4   30.4    30.5
+
DupRate(%)      3.50   3.79   3.27   4.51    3.56
−
BaseComp_C(%)  19.9   20.1    19.6    19.9   20.2    19.8    19.8    19.7
+
QCFailRate(%)  0.00    0.00    0.00    0.00    0.00
−
BaseComp_G(%)  19.9    20.1    19.7   20.0    20.2    19.8   19.9    19.8
+
BaseComp_A(%)  26.3    26.4   26.3    26.8   26.3
−
BaseComp_T(%)  29.9   29.7    30.1    29.8    29.6    30.0   29.9   30.0
+
BaseComp_C(%)  23.7   23.6    23.7   23.2    23.7
−
BaseComp_O(%)  0.0    0.0    0.0    0.0    0.0    0.0    0.0    0.0
+
BaseComp_G(%)  23.2   23.0    23.2    22.7   23.1
 +
BaseComp_T(%)  26.8   27.1    26.8    27.3   26.9
 +
BaseComp_O(%)  0.0    0.0    0.0    0.0    0.0
Bingshan
480

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/3645"

Navigation menu