Changes

     runon -m 1024 minimac --refHaps ref.hap.$chr.gz --refSnps ref.snps.$chr.gz --snpAliases dbsnp134-merges.txt.gz \

     runon -m 1024 minimac --refHaps ref.hap.$chr.gz --refSnps ref.snps.$chr.gz --snpAliases dbsnp134-merges.txt.gz \

                          --haps target.hap.$chr.gz --snps target.snps.$chr.gz --prefix chr$chr.imputed

                          --haps chr$chr.haps.gz --snps chr.$chr.snps --prefix chr$chr.imputed                        

 

   end

   end

</source>

</source>