Changes

From Genome Analysis Wiki
Jump to navigationJump to search

Sequencing Workshop Analysis of Indels (view source)

Revision as of 20:43, 15 June 2014

2,029 bytes removed ,  20:43, 15 June 2014
→‎Analyses
Line 110: Line 110:     
First you want to know what is in the bcf file.
 
First you want to know what is in the bcf file.
−
  −
=Analyses=
  −
      
vt peek all.genotypes.bcf  
 
vt peek all.genotypes.bcf  
    
options:    input VCF file            run/final/all.genotypes.bcf
 
options:    input VCF file            run/final/all.genotypes.bcf
−
        [o] output VCF file          -
+
  stats: no. of samples                    :        62
−
 
+
       no. of chromosomes                :          1 <br>
−
 
  −
stats: no. of samples                    :        62
  −
       no. of chromosomes                :          1
  −
 
  −
      no. of SNPs                        :          0
  −
          2 alleles (ts/tv)              :              0 (-nan) [0/0]
  −
          3 alleles (ts/tv)              :              0 (-nan) [0/0]
  −
          4 alleles (ts/tv)              :              0 (-nan) [0/0]
  −
 
  −
      no. of MNPs                        :          0
  −
          2 alleles (ts/tv)              :              0 (-nan) [0/0]
  −
          >=3 alleles (ts/tv)            :              0 (-nan) [0/0]
  −
 
   
       no. Indels                        :        720
 
       no. Indels                        :        720
 
           2 alleles (ins/del)            :            720 (0.84) [328/392]
 
           2 alleles (ins/del)            :            720 (0.84) [328/392]
 
           >=3 alleles (ins/del)          :              0 (-nan) [0/0]
 
           >=3 alleles (ins/del)          :              0 (-nan) [0/0]
−
 
+
       no. of observed variants          :        720 <br>
−
      no. SNP/MNP                        :          0
  −
          3 alleles (ts/tv)              :              0 (-nan) [0/0]
  −
          >=4 alleles (ts/tv)            :              0 (-nan) [0/0]
  −
 
  −
      no. SNP/Indels                    :          0
  −
          2 alleles (ts/tv) (ins/del)    :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          >=3 alleles (ts/tv) (ins/del)  :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
 
  −
      no. MNP/Indels                    :          0
  −
          2 alleles (ts/tv) (ins/del)    :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          >=3 alleles (ts/tv) (ins/del)  :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
 
  −
      no. SNP/MNP/Indels                :          0
  −
          3 alleles (ts/tv) (ins/del)    :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          4 alleles (ts/tv) (ins/del)    :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          >=5 alleles (ts/tv) (ins/del)  :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
 
  −
      no. of clumped variants            :          0
  −
          2 alleles                      :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          3 alleles                      :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          4 alleles                      :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
          >=5 alleles                    :              0 (-nan) [0/0] (-nan) [0/0]
  −
 
  −
      no. of reference                  :          0
  −
 
  −
       no. of observed variants          :        720
  −
      no. of unclassified variants      :          0
  −
 
  −
Time elapsed: 0.01s
      
== Comparison with other data sets ==
 
== Comparison with other data sets ==
Atks
1,102

edits

Retrieved from "http://genome.sph.umich.edu/wiki/Special:MobileDiff/10730"

Navigation menu